Клуб основан 31 мая1972 года, домашние матчи проводит на арене «Ниньо Д’Агуйя», вмещающей 8 000 зрителей. В чемпионате штатаМату-Гросу-ду-Сул клуб побеждал три раза — в 2007, 2012 и 2019 годах. В Серии C Бразилии «Агия Негра», играла в 2007 и 2008 годах, в 2007 выбыла во втором раунде, а в 2008 в первом. В 2013 году клуб дебютировал в Серии D чемпионата Бразилии и занял 29-е место.
В 2022 году «Агия Негра» вылетела из высшего дивизиона чемпионата штата Мату-Гросу-ду-Сул.