Сонер Айдогду начинал заниматься футболом в турецком клубе «Генчлербирлиги». 22 ноября 2008 года он дебютировал в турецкой Суперлиге, выйдя на замену в гостевом поединке против «Газиантепспора»[3]. Сезон 2009/10 Айдогду провёл на правах аренды за команду Первой лиги «Хаджеттепе», по окончании которого вернулся в «Генчлербирлиги». 27 ноября 2010 года он забил свой первый гол на высшем уровне, сравняв счёт в домашнем матче с «Сивасспором»[4].
Летом 2012 года полузащитник перешёл в «Трабзонспор», а в конце января 2016 года — в «Акхисар Беледиеспор». С последним Айдогду в 2018 году стал обладателем Кубка Турции, а летом того же года стал футболистом клуба «Истанбул Башакшехир».
Карьера в сборной
29 февраля 2012 года Сонер Айдогду дебютировал в составе сборной Турции в домашнем товарищеском матче против команды Словакии, выйдя на замену в концовке[5].
