Летом 2013 года он перешёл в «Леонес Негрос». 11 августа в матче против «Крус Асуль Идальго» Алаторре дебютировал в Лиге Ассенсо[4]. 11 мая 2014 года в поединке против своей бывшей команды «Эстудиантес Текос» Марсело забил свой первый гол за «Леонес Негрос»[5]. По итогам сезона он помог клубу выйти в элиту.
Отыграв сезон за «Негрос» на высшем уровне, летом 2015 года Алаторре перешёл в «УНАМ Пумас». 26 июля в матче против «Монтеррея» он дебютировал за «пум»[6]. В своём дебютном сезоне Марсело помог команде завоевать серебряные медали чемпионата. В начале 2017 года Алаторре присоединился к «Веракрус». 21 января в матче против «Атласа» он дебютировал за новую команду[7].
Летом 2017 года Алаторре перешёл в «Венадос». 22 июля в матче против «Минерос де Сакатекас» он дебютировал за новый клуб[8].