Тренерскую карьеру начал в ВВА-Подмосковье. В 2008 году стал главным тренером команды Кубань. С 2018 по 2019 год — тренер «Красного Яра». С 2020 года — главный тренер женской команды ЦСКА[1].
С 2008 по 2009 и с 2012 по 2014 года Алексеенко работал главным тренером мужской сборной России по регби-7. В 2013 году привел команду к победе на Универсиаде в Казани. В 2014 году работал как тренер защитников сборной России по регби. 9 ноября 2021 года был назначен исполняющим обязанности главного тренера женской сборной России по регби-7, а 30 ноября 2021 года был утверждён в этой должности.