Благочиние было создано в ходе реорганизации епархии в 1999 году, когда Алма-Ата вошла в состав Астанайской епархии. В 2010 году из состава епархии были выделены Карагандинская, Усть-Каменогорская и Павлодарская епархии, что способствовало повышению самостоятельности Алма-Атинского благочиния[4].