В сезоне 2016 года клуб занял 2-е место в первой лиге, а в переходном матче разгромил «Тараз» (3:0) и получил путёвку в премьер-лигу[4]. Однако 3 февраля 2017 года в связи с несоответствием по сертификации решением Федерации футбола Казахстана был исключен из участников премьер-лиги[5] и переведён обратно в первую лигу, но в итоге не подтвердил своего участия и в данном турнире[6], тем самым прекратив своё существование.
Позже стало известно о том, что во вторую лигу будет заявлен клуб с похожим названием «Алтай ВКО» (Усть-Каменогорск)[7], который по заявлению областных властей не является правопреемником ТОО ФК «Алтай»[8].
Стадионы
У футбольного клуба было 2 домашних стадиона — «Восток» в Усть-Каменогорске и «Спартак» в Семее. 1-ю половину сезона команда принимала гостей в одном городе, 2-ю половину — в другом.