Альфаро начал свою профессиональную карьеру в 1974 году в известном аргентинском клубе «Ньюэллс Олд Бойз», с которым в первом же сезоне стал чемпионом Аргентины. Он играл в этой команде до конца 1980 года и после перешёл в греческий «Панатинаикос».
Проведя один сезон в греческом чемпионате, Роке Альфаро переходит в колумбийскую «Америка (Кали)» и в течение трёх сезонов дважды становится чемпионом Колумбии.
После этого он возвращается в Аргентину и в период с 1984 по 1990 годы играет в составах «Ривер Плейт» и «Ньюэллс Олд Бойз». С этими командами Альфаро по одному разу выигрывает в чемпионате Аргентины.
В 1990 году он переходит в чилийский «О’Хиггинс» и, не добившись особых результатов за три сезона, завершает карьеру игрока.
Роке Альфаро сразу после окончания карьеры игрока начал заниматься тренерской работой. Среди клубов под его управлением были несколько клубов из Южной Америки, в том числе и те, за которые он до этого играл.
В январе 2014 года он был назначен техническим директором перуанского клуба «Сан-Симон» из города Мокегуа[3].