С марта 2016 по 2 января 2017 года занимал должность заместителя премьер-министра Правительства национального согласия Ливии. Представлял южную часть Ливию, откуда он родом[3]. Муса аль-Кони ушёл в отставку из-за того, что считал Правительство национального согласия неспособным управлять страной[4][5][6]. В настоящее время является одним из вице-председателей Президентского совета[3].