В 2003 году Аннетт Бойтлер стала чемпионкой Швейцарии в омниуме на треке и заняла второе место в Чемпионате Швейцарии в индивидуальной гонке после Приски Доппман[англ.]. В 2004 году она выиграла два этапа в турах — в Грации Орлова и в Джиро Донне 2004. В следующем году она заняла второе место в общем зачёте на Редлендс Классик и Туре Большого Монреаля, где она также выиграла один этап. Она также выиграла этап на Central Valley Classic, финишировала третьей на Туре Туна и заняла третье место в Чемпионате Швейцарии в групповой гонке.
В 2006 году Бойтлер заняла третье место в Кубке мира по шоссейному велоспорту и стала чемпионкой Швейцарии в групповой гонке. В 2007 году она заняла второе место в Чемпионате Швейцарии в групповой гонке. Она завершила свою карьеру в велоспорте в конце того сезона[2].
