28 апреля1908 годаСвятой Престол учредил апостольскую префектуру Чоко, выделив её из епархии Антиокии (сегодня — Архиепархия Санта-Фе-де-Антиокии). Пастырское попечение апостольской префектурой Чоко было поручено монахам их монашеской конгрегации кларетинов. Юрисдикция апостольской префектуры распространялась на всю территорию департамента Чоко.
17 декабря 1952 года апостольская префектура Чоко передала часть своей территории для образования новых епархий Армении и Перейры. В этот же день апостольская префектура Чоко была упразднена.