Апостольская делегатура в Экваториальной Гвинее была учреждена в 1971 году, папой римскимПавом VI.
28 декабря 1981 года Апостольская делегатура была возведена в ранг Апостольской нунциатуры в Экваториальной Гвинее, бреве «Valde optabile» Папы Иоанна Павла II. Однако апостольский нунций не имеет официальной резиденции в Экваториальной Гвинее, в его столице Малабо и является апостольским нунцием по совместительству, эпизодически навещая страну. Резиденцией апостольского нунция в Экваториальной Гвинее является Яунде — столица Камеруна.