Родился 4 января 1884 года в Новой Джульфе, Иран. 3 ноября 1907 года был рукоположен в священника. 24 августа 1954 года был избран епископом Исфахана и в этот же день утверждён Святым Престолом. 21 ноября 1954 года состоялось рукоположение Ованнеса Апцара в епископа, которое совершил киликиский патриарх Григорий-Пётр Агаджанян в сослужении с архиепископом Алеппо Игнатием-Петром XVI Батаняном и архиепископом Багдада Нерсесом Тайрояном.