В 1997 году стала преемницей Православного межъепископского комитета Франции (фр.Comit inter-piscopal orthodoxe en France), созданного в 1967 году.
16 сентября 2011 года члены Ассамблеи выразили «глубокое сожаление» по поводу конфликтной ситуации вокруг Николаевского собора в Ницце и призвали стороны «умиротворить без промедления ситуацию»[1].
14 сентября 2018 года Священный синод Русской православной церкви постановил приостановить участие Русской православной церкви во всех епископских собраниях, богословских диалогах, многосторонних комиссиях и других структурах, в которых председательствуют или сопредседательствуют представители Константинопольского патриархата[2].