В июне 2009 года назначен на пост главного тренера клуба «Катания». Соглашение с 38-летним специалистом было рассчитано на два года. Атцори сменил на тренерском мостике «Катании» Вальтера Дзенгу, возглавившего «Палермо».
16 июня 2011 года в 13:30 был представлен прессе в качестве главного тренера клуба «Сампдория»[2]. 13 ноября он покинул пост наставника команды[3].
В 2022 был внесён кандидатом в списки голосования за президента Итальянской республики[4].