Свою профессиональную карьеру Утида начал в клубе «Касима Антлерс», в котором дебютировал в 17-летнем возрасте 5 марта 2006 года, а 21 марта того же года забил свой первый гол на профессиональном уровне. За «Касима Антлерс» играл до июня 2010 года, трижды выиграв за это время чемпионат Джей-лиги. 13 июня 2010 года Утида подписал 3-летний контракт с «Шальке 04». 16 августа 2012 года Ацуто продлил контракт с «Шальке» до 2015 года[3][4]. 30 октября 2014 года контракт был продлён до 2018 года[5].