Айяла родился в городе Флоридабланка, но в два года его родители переехали в Боготу. Там Себастьян начал заниматься футболом в школе клуба «Ла Экидад». 2 июня 2013 года в матче против «Депортес Толима» он дебютировал в Кубке Мустанга[1]. Летом 2014 года для получения игровой практики Аяла на правах аренды перешёл в португальский «Насьонал». 17 августа в поединке против «Морейренсе» он дебютировал в Сангриш лиге[2]. После окончания аренды Аяла вернулся в «Ла Экидад». 26 июля 2017 года подписал контракт с клубом «Мильонариос» на 6 месяцев. 13 августа в матче против своего бывшего клуба «Ла Экидад» он дебютировал за новую команду[3].
