Кандидатскую диссертацию на «Исследования взаимодействия генетического и этногенетического процессов в народонаселении» защитила в 1984 году. В 1998 году защитила докторскую диссертацию по специальности «генетика» на тему «Новые технологии изучения пространственной структуры генофонда», научным консультантом являлся Е. К. Гинтер.
Е. В. Балановская была директором научного центра «Северная Евразия» крупнейшего международного проекта «Генографик» (2005—2012). В МГНЦ также входит в состав ученого совета[1].
Состоит членом антропологического диссовета при МГУ Д 501.001.94[2]. Научный редактор, автор и ведущий естественнонаучных разделов сайта «Генофонд.рф».
На 2015 год автор более 400 публикаций. Индекс Хирша 19[3]. Ряд работ опубликован в журналах «Nature» и «Science».
Сын — О. П. Балановский (1977—2021), также известный российский исследователь.