Окончил МГИМО МИД СССР (1984). На дипломатической работе с 1984 года. Владел английским и сомалийским языками.
Всю свою дипломатическую карьеру Сергей Викторович Бахарев связал с Африканским направлением внешней политики СССР и России, внёс весомый личный вклад в формирование и реализацию курса на развитие и укрепление многогранных и традиционно дружественных отношений России со странами Африки.
После окончания МГИМО С. В. Бахарев работал на различных должностях в центральном аппарате и посольствах СССР/России в Сомали и Кении.
В 1999—2002 годах являлся советником Посольства России в ЮАР.
В 2002—2013 годах — советником, старшим советником, начальником отдела, заместителем директора Департамента Африки МИД России.
С 26 марта 2013 по 26 июня 2019 года — чрезвычайный и полномочный посол России в Зимбабве. Верительные грамоты вручил 19 июня 2013 года[1][2].
С 26 марта 2013 по 26 июня 2019 года — чрезвычайный и полномочный посол России в Малави по совместительству. Верительные грамоты вручил 13 августа 2013 года[3][2].