Бельтран — воспитанник клубов «Атланте» и «Гвадалахара». 17 июля 2017 года в поединке Кубка Мексики против «УАНЛ Тигрес» Фернандо дебютировал за основной состав последнего[2]. 23 июля в матче против «Толуки» он дебютировал в мексиканской Примере[3]. В 2018 году Бельтран стал победителем Лиги чемпионов КОНКАКАФ, хотя не сыграл ни в одном матче. 26 января 2020 года в поединке против «Толуки» Фернандо забил свой первый гол за «Гвадалахару»[4].
