Берхалтер — воспитанник клубов «Хаммарбю» и «Колумбус Крю». 21 августа 2020 года в матче против «Чикаго Файр» он дебютировал в MLS в составе последних[1]. В своём дебютном сезоне Себастьян помог команде выиграть Кубок MLS[2]. В начале 2021 года Берхалтер на правах аренды перешёл в «Остин»[3]. 25 апреля в матче против «Колорадо Рэпидз» он дебютировал за новую команду[4].
В 2022 году Берхалтер перешёл в канадский «Ванкувер Уайткэпс»[5]. 26 февраля в матче против своего бывшего клуба «Колумбус Крю» он дебютировал за новую команду[6]. 1 июня 2023 года в поединке против «Хьюстон Динамо» Себастьян забил свой первый гол за «Ванкувер Уайткэпс»[7].
