В 2017 году в составе юношеской сборной Парагвая Богадо принял участие в юношеском чемпионате Южной Америке в Чили. На турнире он сыграл в матчах против команд Перу, Венесуэлы[3], Колумбии[4] и дважды Бразилии[5][6].
В том же году Богадо принял участие в юношеском чемпионате мира в Индии. На турнире он сыграл в матчах против команд США[7] и Турции[8]. В поединке против турок Джованни забил гол.