21 апреля 2000 года «за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в условиях, сопряжённых с риском для жизни» полковнику Бондареву присвоено звание Героя Российской Федерации.
С мая 2006 года — заместитель командующего 14-й армией ВВС и ПВО (Новосибирск). С 9 июня 2008 года — командующий 14-й армией ВВС и ПВО. С августа 2009 года — командующий 2-м командованием ВВС и ПВО. С июля 2009 года — заместитель Главнокомандующего Военно-воздушными силами Российской Федерации. С июля 2011 по 6 мая 2012 года — начальник Главного штаба — 1-й заместитель Главнокомандующего Военно-воздушными силами.
17 марта 2016 года Верховный главнокомандующий Вооружёнными силами Российской Федерации Владимир Путин вручил Главнокомандующему ВКС России генерал-полковнику Виктору Бондареву Боевое знамя Воздушно-космических сил РФ[12].
Имеет общий налёт более 3 тысяч часов. Классная квалификация «лётчик-снайпер». Кандидат технических наук. Являлся членом редакционной коллегии журнала «Военная мысль».
26 сентября 2017 года указом Президента России Владимира Путина освобождён от должности Главнокомандующего Воздушно-космическими силами и уволен в запас[14].
Открытие памятника бывшему главнокомандующему ВВС ВС России А. М. Корнукову, 1 июля 2015 года
Вручение штандарта Главкома ВВС, 16 мая 2012 года
С Президентом России В. В. Путиным на авиашоу, 11 августа 2012 года
Награды
Герой Российской Федерации (21 апреля 2000 ) — за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в ходе контртеррористической операции на Северном Кавказе