С октября 1999 года по 30 ноября 2009 года де Буассьё был заместителем Хавьера Соланы.
1 декабря2009 года вступил во вновь созданную должность генерального секретаря Совета ЕС.[3] До вступления в силу 1 декабря Лиссабонского договора Совет Европейского союза возглавлял верховный представитель ЕС по общей внешней политике и безопасности. После реформы органов власти была учреждена должность высокого представителя по международным делам и безопасности, которую возглавила Кэтрин Эштон. Должность же де Буассьё стала, по мнению наблюдателей, «„контролером“ со стороны государств ЕС за деятельностью Эштон».[4]