7 января1943 года был тяжело ранен. В эвакогоспитале ему пришлось ампутировать кисть левой руки. В июле 1943 года его демобилизовали как инвалида третьей группы.
В 1960 году М. П. Бубнов перешёл на работу в управление по проектированию Дворца Советов (позже ЦНИЭП зрелищных зданий и спортивных сооружений) на должность главного архитектора проекта. С 1968 года Бубнов руководил мастерской № 1. Выполнил проекты крупных общественных зданий.