Родился в семье офицера советской армии, в 1966 году семья переехала в город Жданов (теперь Мариуполь). Начал учиться фотографии у своего отца-фотолюбителя, с 13 лет начал снимать самостоятельно, с 9 класса печатался в городской газете Мариуполя[4]. С 9-10 классов занимался в фотоклубе «Энтузиаст» при газете «Приазовский рабочий»[5].
Окончил Донецкий медицинский институт, после чего в течение пятнадцати лет работал ортопедом-травматологом в Авдеевской городской больнице[6]. Заочно учился на фотокурсах ВГИКа, но на втором году обучения бросил их[5]. В начале 1990-х начал публиковать фотографии в прессе Донецкой области и московской газете «Мегаполис-экспресс». В 1998 году стал внештатно фотографировать для медицинской вкладки в газете «Салон Дона и Баса». В конце 1998 года устроился работать в газету «Салон Дона и Баса» штатным фотографом[5].
Фотография обгоревшего шахтёра во время аварии на шахте имени Засядько 2000 года попала в рейтинг «Лучших журналистских фотографий 1-го десятилетия XXI века» новостного агентства MSNBC[7] и получила несколько призов. Сделать фотографию помог опыт работы в медицине и автор оказался в «нужное время в нужном месте». Также в дальнейшем Ваганов получил от руководства донецкого ожогового центра эксклюзивное право на съёмку в палатах[5].
10 декабря 2004 года был избит когда снимал разгром палатки украинской неофициальной общественной молодёжной организации «Пора!»[8][9].
В 2007 году был принят в Донецкую областную организацию Национального союза фотохудожников Украины[10].
В 2010 году участвовал в фотопроекте «Фоторепортеры меняют мир к лучшему»[11].
Сергей Ваганов участвует в выступлении Дмитрия Халаджи, 2010 год
Сергей Ваганов на благотворительной акции «Метры тепла», 2010 год
2003 — Поощрительный приз конкурса работ журналистской фотографии «ГЛАЗ МЕДИА — Украина»[20]
2004 — Первое место в секции для профессионалов на фотоконкурсе «Мой Canon» в рамках Киевской фотоярмарки[6][21]
2004 — Главный приз VI фотоконкурса газеты «День»[12]
2010 — Победитель десятого Всеукраинского конкурса среди спортивных журналистов «Украина олимпийская» в номинации «Лучшие спортивные фотожурналисты года»[22][23][24][25]
2011 — Первое место в секции «Ми фанати» и два вторых места в секциях «Дитячий та юнацький футбол — розвиток і перспективи», «Видатні особистості українського футболу» национального фотоконкурса «Україна грає у футбол»[26]
