Первым профессиональным клубом Вейсаги стал «Хорхе Вильстерманн», в его составе он дебютировал в чемпионате Боливии в сезоне 2008 года. 3 июня 2010 года в поединке против «Сан-Хосе Оруро» Вальтер забил свой первый гол за команду в чемпионате страны[1]. В сезоне 2010 года Вейсага стал чемпионом Боливии.
В начале 2011 года Вальтер перешёл в «Ориенте Петролеро». 20 февраля в матче против «Ауроры» он дебютировал за новую команду[2].