В 1892 году прошёл хабилитацию в Высшей технической школе Ганновера и стал преподавать в ней. С 1898 года — в звании профессора, в 1910—1918 годах — профессор бактериологии и технической микологии.
Вемер открыл биологический синтез щавелевой кислоты, в 1893 году — лимонной кислоты грибами рода Penicillium. Вемер описал продуцентов лимонной кислоты в новом роде Citromyces, в настоящее время они относятся к виду Penicillium glabrum.