В 1966 году, ещё изучая медицину, после трёх лет знакомства тайно женился на актрисе и режиссёре Сенте Бергер, делавшей тогда первые шаги в Голливуде[7].
В 1967 году снял в качестве режиссёра свой первый фильм — «Пария», вместе с женой занялся продюсированием. Завоевав репутацию значительного деятеля немецкого политического кино, Михаэль Ферхёвен наиболее известен по своему фильму 1982 года «Белая роза», повествующем о студенческом подполье во времена нацизма. Фильм «Дрянная девчонка» (1990 год), номинированный на премию «Оскар» за лучший иностранный фильм, рассказывает историю юной девушки, расследующей события в её родном городке времён Третьего рейха. Обличающий Вьетнамскую войну фильм 1970 года «о-кей» участвовал в конкурсе 20-го Берлинского международного кинофестиваля, но возникший вокруг него скандал вынудил жюри прекратить работу без присуждения призов[8].