Клуб основан 28 июня1908 года, домашние матчи проводит на стадионе «Кастор Кифуэнтес», вмещающем 15 тыс. зрителей. «Вила-Нова» — пятикратный чемпион штатаМинас-Жерайс. «Золотым десятилетием» для «Вилы-Новы» стали 1930-е годы, когда команда завоевала четыре чемпионских титула.
В 1978, 1979 и 1985 годах «Вила-Нова» играла в Серии A. В 2016 году клуб выступал в Серии D Бразилии.