Вилья — воспитанник клуба «Депортес Толима». 27 августа 2014 года в поединке Кубка Колумбии против «Депортес Киндио» он дебютировал за основной состав[3]. В том же году Себастьян стал обладателем трофея. 9 мая 2016 года в матче против «Санта-Фе» он дебютировал в Кубке Мустанга[4]. 11 февраля 2018 года в поединке против «Америки» из Кали Себастьян забил свой первый гол за «Депортес Толима»[5]. В том же году он помог команде выиграть чемпионат.
