Епархия была учреждена в составе УПЦ КП решением Священного синода 1992 года как Винницкая. Кафедральный собор «Спас на Убрусе» был освящён 15 мая 2010 года. После вхождения УПЦ КП в ПЦУ сменила название на нынешнее (из-за дублирования названий епархий новой церкви).
По состоянию на 2018 год епархия насчитывала 273 общины, объединённые в 25 благочиний[1].