Профессиональную карьеру начал 2005 году в «Крузейро». В 2006 году перебрался в Европу, играл за загребское «Динамо» и словенский «Копер». В 2008—2010 годах играл в Японии за «Кавасаки Фронтале». В 2012 году стал игроком Коринтианса. В 2015 году на правах аренды играл за тайский Сиам Нави. В начале 2017 года Витор Жуниор подписал контракт с казахстанским клубом «Актобе».