После завершения карьеры, Гальперин перешёл на тренерскую работу. До своей смерти он работал в детско-юношеских спортивных школах города. В 1966 году возглавил СДЮСШОР № 3 по футболу[4].
Сын Исаака Евгений спортивный функционер. С 2002 по 2004 год он был генеральным директором футбольного клуба «Лукойл», а также директором волейбольной команды «Автодор-Метар»[5].