Меркис — воспитанник клуба «Аполлон» из своего родного города. В 2001 году он дебютировал за команду в чемпионате Кипра. В 2006 году Гиоргис стал чемпионом Кипра. В 2009 и 2013 году он помог команде завоевать Кубок Кипра. В том же году Гиоргос принял участие в финале Суперкубка Кипра против АПОЭЛа[3].
В 2014 году в ответном матче за выход в Лигу Европы против московского «Локомотива» Меркис «зацементировал» оборону и помог клубу пройти очень сложного соперника[4].
