Гуардерас начал профессиональную карьеру в клубе «Университарио» из своего родного города. 19 февраля 2012 года в матче против «Аякучо» он дебютировал в перуанской Примере[1]. 3 ноября в поединке против «Хуан Аурич» Рафаэль забил свой первый гол за «Университарио»[2]. В том же сезоне он стал чемпионом страны. Летом 2015 года Гуардерас на правах аренды перешёл в «Универсидад Сан-Мартин». 29 августа в матче против «Мельгара» он дебютировал за новый клуб[3]. После окончания аренды Рафаэль вернулся в «Университарио».
.svg){kind=link}