20 мая 2008 года на официальном сайте «Ливерпуля» было сообщено, что Филипп Деген подпишет контракт с клубом 1 июля[3]. Предполагалось, что Деген будет основным игроком на позиции правого фуллбека, на которой в составе «красных» до него выступал Стив Финнан. Однако высокая травматичность футболиста не позволила ему провести в первом сезоне в клубе ни одного матча в лиге.
Деген подписал контракт с швейцарской командой «Базель» в 1995 году. Он провёл пять сезонов в молодёжной команде, прежде чем провести свой дебютный матч за команду в 2001 году. В течение первых четырёх сезонов своей карьеры Деген в швейцарской футбольной лиге сыграл 55 матчей и забил четыре гола. За этот четырёхлетний период он завоевал с «Базелем» три чемпионских титула и один кубок, которым управлял Кристиан Гросс.