Клуб основан в 1919 году, домашние матчи проводит на стадионе «Департаменталь Либертад». «Депортиво Пасто» является чемпионом Колумбии 2006 года (Апертура). В победном турнире команда на первом этапе заняла восьмое место, опередив «Депортес Киндио» и «Америку Кали» лишь по дополнительным показателям. Во втором групповом этапе «Депортиво Пасто» первенствовал в своей группе и в финале сыграл с победителем другого квартета, «Депортиво Кали». В первой финальной игре «Депортиво Пасто» в гостях обыграл калийскую команду 1:0, а дома сыграл вничью 1:1[1].
Всего в высшем дивизионе чемпионата Колумбии клуб провёл 35 сезонов.