Де Смет — воспитанник клуба «Серкль Брюгге». В 2003 он дебютировал за команду в Жюпиле лиге. В следующем сезоне Стейн завоевал место в основном составе, сыграв 19 матчей. В декабре 2006 года Де Смета хотел подписать английский «Блэкберн Роверс», но травма колена полученная им в поединке против «Андерлехта» помешала переходу. 17 июля 2009 года Стейн перешёл в «Гент». 2 августа в поединке против своего бывшего клуба он дебютировал за новую команду[1]. В этом матче Де Смет забил свой первый гол за «Гент». В этом же сезоне он выиграл свой первый трофей — кубок Бельгии.
Сезоны 2011/2012 и 2012/2013 Стейн провёл в аренде в клубах «Вестерло» и «Васланд-Беверен» соответственно.