Дуке начал профессиональную карьеру в клубе «Атлетико», но так и не дебютировал за команду. В 2006 году он перешёл в «Депортиво Перейра», в составе которого дебютировал в Кубке Мустанга. Первые сезоны Джефферсон часто выходил на поле, но затем проиграл конкуренцию и был переведён в «дубль». В 2011 году Дуке перешёл в «Леонес Ураба». 27 марта в матче против «Кортулуа» он дебютировал за новую команду[3]. 10 сентября в поединке против «Форталеса Сипакира» Джефферсон забил свой первый гол за «Леонес Ураба»[4]. Два сезона подряд Дуке становился лучшим бомбардиром второго дивизиона Колумбии.
Летом 2012 года он перешёл в «Атлетико Насьональ». Сумма трансфера составила 850 тыс. долларов. 12 августа в матче против «Бояка Чико» Джефферсон дебютировал за новый клуб[5]. 26 августа в поединке против «Депортес Толима» он сделал «дубль», забив свои первые голы за «Атлетико Насьональ»[6]. С командой Дуке четыре раза выиграл чемпионат и дважды завоевал Кубок Колумбии. В 2015 году он стал лучшим бомбардиром национального первенства.
В начале 2016 года Джефферсон перешёл в мексиканский «Атлас». 7 февраля в матче против «Пуэблы» он дебютировал в мексиканской Примере[7]. 13 февраля в поединке против «Толуки» Дуке забил свой первый гол за «Атлас»[8]. В начале 2017 года он на правах аренды вернулся на родину в «Депортиво Кали».
