В конце 2013 года был избран новым президентом Швейцарии. На пост заступил с 1 января 2014 года. При этом сохранил пост главы департамента иностранных дел[2].
6 мая 2014 года Буркхальтер в качестве Действующего председателя ОБСЕ посетил Москву, чтобы обсудить с Владимиром Путинымситуацию на Украине. После переговоров состоялась пресс-конференция, на которой российский лидер призвал сторонников независимости от Украины и присоединения к РФ перенести запланированный на 11 мая референдум[3].
Данный контакт Буркхальтера с Путиным привел к кардинальным изменениям в намерениях последнего в отношении "Русской весны". (Пресс конференция Игоря Стрелкова в Самаре 2 марта 2019)[4]
С 1 января2015 года оставил пост президента Швейцарии[5]. С начала ноября 2017 года покинул Федеральный совет Швейцарии.