Дебют за «Бока Хуниорс» состоялся 18 октября 1987 года в матче против «Платенсе», в котором также отличился забитым голом. В 1991 году помог клубу стать чемпионом Аргентины.
В 1992 году он перешёл в итальянский клуб «Фиорентина», где играл его напарник по сборной — Габриэль Батистута. В то время как Батистута в конечном итоге стал одним из великих футболистов «фиалок», Латторе провёл только 2 матча и в 1993 году перешёл в испанский «Тенерифе». За новый клуб Латторе сыграл 69 матчей и забил 15 голов. Сезон 1995/96 Диего провёл в «Саламанке». В 1996 году вернулся в «Бока Хуниорс». Он также играл за «Расинг (Авельянеда)» и «Росарио Сентраль». Позже он играл в Мексике и Гватемале. В 2006 году завершил карьеру.