В 2016 году Егор Егоров начал карьеру футбольного судьи. Он начинал работать главным арбитром на матчах Молодёжной футбольной лиги. С 2017 по 2023 год обслуживал матчи Второй лиги. Дебютировал в РПЛ в качестве главного судьи 23 мая 2024 года в матче заключительного 30-го тура сезона 2023/24 между «Рубином» и «Сочи» (1:1). Егоров стал первым российским футбольным арбитром, который дебютировал в одном сезоне как в РПЛ, так и в ФНЛ[1].
13 сентября 2025 года Егоров обслуживал матч 8-го тура РПЛ — московское дерби между «Динамо» и «Спартаком» (2:2). В концовке первого тайма он показал красную карточку главному тренеру «красно-белых» Деяну Станковичу и тренеру вратарей Пьерлуиджи Бривио. В протоколе матча было указано, что Станкович был удалён за «использование нецензурных выражений в адрес главного арбитра»[2]. Удаление главного тренера «красно-белых» вызвало неоднозначную реакцию в футбольном сообществе[3][4].