5 сентября 1968 года Римский папаПавел VI издал буллу«Ecclesiam sanctam», которой учредил епархию Кибунго, выделив её из архиепархии Кабгайи (сегодня — Епархия Кабгайи).
5 ноября 1981 года епархия Кибунго передала часть своей территории для возведения новой епархии Бьюмбы.