Первая епархия Комаягуа была создана на территории сегодняшнего Гондураса в 1561 году. В 1916 года эта епархия была преобразована в епархию Тегусигальпы.
13 марта 1963 года Римский папаИоанн Павел II издал буллу«Qui Dei arcano», которой учредил епархию Комаягуа, выделив её из архиепархии Тегусигальпы.
Ординарии епархии
епископ Bernardino N. Mazzarella O.F.M.[1] (13.03.1963 — 30.05.1979);
епископ Geraldo Scarpone Caporale O.F.M. (30.05.1979 — 21.05.2004);