4 августа 1948 года миссия Sui iuris Кодока была преобразована в апостольскую префектуру Кодока. 14 июля 1949 года апостольская префектура Кодока была переименована в апостольскую префектуру Малакаля.
12 декабря 1974 года Римский папа Павел VI выпустил буллуCum in Sudania, которой преобразовал апостольскую перфектуру Малакаля в епархию.
30 января 2014 года апостольский администратор епархии Малакал (столица Верхнего Нила) Роко Табан сообщил, что в результате боевых действий за месяц полностью уничтожены культовые сооружения епархии Малакал, построенные за 8 лет[1].