Епархия Менорки была основана около 500 года[1]. После захвата острова вандалами епархия Менорки подчинялась митрополии на Сардинии. В 897 году папа Роман подчинил епархию Менорки Жироне[2].
Епископское преемство на Мальорке прервалось с арабским завоеванием Испании, Менорка была захвачена арабами в 903 году. Хотя в 1287 году король АрагонаАльфонсо III присоединил Менорку к своим владениям и изгнал мусульманское население, отдельная епархия на острове не была восстановлена вплоть до конца XVIII века[2].
23 июля 1795 года папа Пий VI учредил епархию Менорки, первым епископом стал Антонио Вила[2]. Кафедральным собором стала церковь Санта-Мария, построенная в XIV веке на месте бывшей мечети.