18 апреля 1950 года Римский папаПий XII выпустил буллуLaeto accepimus, которой преобразовал апостольский викариат Ондо-Илорима в епархию Ондо. В этот же день епархия Ондо вошла в митрополию Лагоса.
20 января 1960 года и 30 июля 1972 года епархия Ондо передала часть своей территории для возведения новых апостольской префектуры Илорима (сегодня — Епархия Илорима) и епархии Адо-Экити (сегодня — Епархия Экити).
26 марта 1994 года епархия Ондо вошла в митрополию Ибадана.