12 июля 1955 года Святой Престол учредил территориальную прелатуру Паринтинса, выделив её из архиепархии Манауса. 13 июля 1963 года территориальная прелатура Паринтинса передала часть своей территории в пользу возведения территориальной прелатуры Борбы.
30 октября 1980 года территориальная прелатура Паринтинса была преобразована в епархию.