16 июля 2007 года Папа РимскийБенедикт XVI издал буллуMissionalem per navitatem, которой учредил епархию Сандакана[1], выделив её из епархии Кота-Кинабалу. Первоначально епархия входила в митрополию Кучинга.
23 мая 2008 года епархия Сандакана вошла в митрополию Кота-Кинабалу.
Ординарии епархии
епископ Юлиус Дусин Гитом (16.07.2007 — по настоящее время).