4 июля 1924 года Римский папаПий XI выпустил буллу «Ubi praesules», которой учредил епархию Сантуса, выделив её из архиепархии Сан-Паулу.
2 марта 1968 года, 9 января 1974 года и 3 марта 1999 года епархия Сантуса передала часть своей территории в пользу возведения новых епархий Итапевы, Режистру и Карагуататубы.
Ординарии епархии
епископ Jos Maria Perreira Lara (18.12.1924 — 28.09.1934)
епископ Paulo de Tarso Campos (1.06.1935 — 14.12.1941)
епископ Idlio Jos Soares (12.06.1943 — 21.11.1966)
епископ David Pico (21.11.1966 — 26.07.2000)
епископ Jacyr Francisco Braido (26.06.2000 — по настоящее время)